Nedostatak prostora najveći je problem Prirodno matematičkog fakulteta u Nišu. Zbog ograničenih kapaciteta departaman za hemiju i dalje je „podstanar“ na Filozofskom fakulteu. U Upravi kažu da se na rešavanju ovog problema intezivno radi i da su uključeni i niški Univetrzitet i Ministarstvo prosvete. Fakultet ima šest departmana i 21 akreditovani studijski program. Osnovan je 1999.godine.
