Malo ko zna da se nedaleko od Hrama Svetog Pantelejmona u Nišu, u samoj porti nalaze ostaci prvobitne crkve koju je izgradio veliki župan Stefan Nemanja. Barem se to pretpostavlja na osnovu arheoloških istraživanja. Istoričari kažu da su se na tom mestu susreli Stefan Nemanja i nemački car Fridrih Barbarosa.

Moramo da se vratimo u period kada je Stefan Nemanja širio granice srpske srednjovekovne države, kraj 12. veka, od 1183. godine, kada je Nemanja osvojio ove krajeve i onda je na temeljima stare vizantijske bazilike izgradio i jednu od svojih zadužbina, kaže istoričar Zavoda za zaštitu spomenika kulture Niš Đorđe Stošić.

To samo govori o tome koliko je Niš imao značaj za mladu nemanjičku državu i Stefana Nemanju koji je u tom trenutku gledao da učvrsti svoj položaj na prostorima koje je dobio od vizantijskog cara na upravljanje. Hram Svetog Pantelejmona imao je burnu istoriju, objašnjava protođakon Dalibor Midić. 

Arheološka istražvianja sprovedena su tokom 20. veka, od 1966. godine, pa sve do 1970. godine kada je otkriveno više grobova iz tog srednjovekovnog perioda I temelji same crkve, za koje se veruje da su ostaci Nemanjine zadužbine.